第1集 绿色小矮人
墨西哥(✖)丛林里的雷达收到外(🎲)星(🚭)文明的讯号。Mulder只身前往，险些丧命，又落得一场空。
第2集 下水(🐤)道惊(👄)魂(📇)记
水(🐽)蛭人(🚧)变种惊现下水(👣)道。Mulder被赶去调(🔩)查。
第3集 恐(🐢)惧症
小镇实验农药(🤳)，一个(🥏)人被农药影响的(🚉)人(🌔)出现幻视，遵循电子仪器的显示疯狂杀人。
第(🕥)4集(🍲) 不能睡的人
军方(🗄)实验的对象二十几年不能睡觉，懂得(🌶)了控制人的反应思(✉)维，开始报复杀人。Mulder见(♈)到了Mr. X。Alex Krycek首次出场。
第5集 第(➕)四类接触（上）
精神病院(⏮)的前FBI探员声称被alien劫(📵)持过，因为不愿(🔩)再(📐)次被劫持(🐝)，绑架了精神病院的医(🍖)生。被请来帮(🚤)忙的Mulder自愿成为人质。
第6集 第四类接触（下）
Duane Barry逃跑并绑架了Scully，Alex Krycek原来是(📡)CSM的帮手。最后Scully在UFO出现的强光中失踪了。X档(🔭)案(💫)重新开(🎯)启。
第(🤮)7集 三位一体
洛山基(🌪)出现杀(💭)人(🏜)取血案件(🆓)，Mulder认为是吸血鬼所为，还跟(🦅)其中之一Christen有(🌓)了(🚥)一(🥡)夜情。
第8集 起死回生
Scully被悄悄(😵)送了回(📚)来，但生命垂危。Mellisa就像个灵媒。
第9集 火山(🔉)口惊魂
研究火(㊗)山的几个科学(👜)家纷纷死于喉咙里长(🤐)出(🥩)硅基孢子(🏤)植物。
第10集(🌒) 红色博物馆
盛(🏚)产美(🥫)味牛肉的小镇的孩子们被绑架，发(🛂)现(📄)的尸(🍾)体上都(🉐)有“he/she is one”的(♍)字(👻)样。Mulder和Scully以为是(🆎)镇上的教徒所(⛽)为，但其(🉑)实是和alien计划有关的人体实验。
第11集 再生
老人(🙏)院里闹鬼了。Mulder和Scully没看到鬼，倒是发现些(🖥)让人恢复(🐪)精力的小蘑(🎰)菇。
第12集 剃刀(🎒)杀人狂
几十年前的杀人狂(🤴)有个后代继承了他的杀人基因(🔇)，现(📺)在基因被激活(💬)了(⏮)。Mulder和Scully能否阻(🍝)止(💿)新的惨剧发生(🤔)？
第(😆)13集 摧花狂疑云
法斯特是(🆚)个恋物(👰)癖，挖掘年轻(💧)女性的(🥈)尸体，把她们的头发和指甲全部剪(🔷)下来收藏(🛸)。当尸体已不足(🕣)满足他(🃏)的时候，只有杀人。法斯(👬)特的下一个目标转向了Scully。
第(🥙)14集 巫教学校
在一个小城，一个少年被谋杀了，而谋杀过(🔛)程像一个仪，少年心(💬)脏和(😞)眼睛被(🦍)挖掉(🤰)了，居然出现(🕊)在(🚞)老师的课桌抽屉里。Mulder探员和Scully探员发现，当地学(🤰)校的家长(🐷)教师协会举行一种秘(🕐)密仪式，而一个代课(🍏)教(❤)师(🔹)拥有神(🎼)奇(🍓)的(🥒)能量。
第15集 巫毒的(💡)复仇
在(🗑)一个海地难民营(🎢)，几个陆战队员神(🤥)秘死去。Mulder探员(🙋)和Scully探员发现，这是难(⛵)民(🏣)营(🎲)首领虐待难民，一个巫师反抗的(🐇)结果。
第16集 殖(👅)民(🏄)地球（上）
Mulder探员收到一封电子邮件，信中包括三(💍)个不同城(🌽)市医生的讣(🙇)告。正在此时，一个CIA特工通知Mulder探员和Scully探员，一个俄(📦)罗(🧓)斯杀手已经潜入美(📱)国境内的医(💪)疗(🦏)机构，目的是为了(👿)除掉(💻)冷战时(🍎)期潜伏在美国的俄罗斯克隆人。Mulder妹妹突然出(🏗)现回家，妹妹Samantha和克隆人(⬜)有说不清的关系。
第17集 殖民地球（下）
一个来自外星的职业捕手绑架(🛥)了(💏)Scully探员，用她来交换Mulder探员在幼(✡)年时期被(🙆)绑架的妹妹Samantha。交易失败后，Mulder发(💁)现Samantha居然(👖)是(🍴)克隆人，今儿继(🙌)续(👣)跟随(🎫)这个(🌑)外星人到了北极冰雪下的潜艇中，逼问关于Samantha的真相。然而Mulder再一次失去了Samantha的线索(🌚)。
第18集 审(⛎)判
在(🚐)一个UFO经常出没的地(🤣)区，动物园(🐒)中发生了隐身的动物攻击事件(🧟)。Mulder探员和Scully探员奉命(😘)去调查这桩奇案。
第19集(😁) 幽灵船
一艘美(🏆)国海军船只失事(🍴)，舰上(♎)只有(🚡)一半成员成功逃生。18个小时当他(🔕)们被一艘渔船发现时，他们看上去比事发前至少苍老60岁。Mulder探员(😉)认为，该舰进入了未知的时空，因而加(🤢)速了(⚾)他们的老化，没想(🥀)到的是Mulder和Scully到(📻)达(🏣)军(🔀)舰上，他们也莫名其妙的老去，衰老使他(🍎)们(🍕)已经快要死亡了。Mulder和Scully能否发(🤮)现使他们衰老的秘密？能否活着等到救援？(🈴)
第20集 斑身人
佛罗里达州的Gibsonton 城充斥了马戏团和杂耍艺人。一个以鳄鱼表演(👇)为生，名叫Jerald Glazebrook 的(🌼)人被谋杀(🤟)了。Mulder探员和Scully探员在调查这宗谋杀案时(🐟)，遇到了形形色色的(🎹)奇怪(🕵)人(😽)物，甚至包(🐆)括当地的警长。
第21集 巫童
一个2岁(🍕)大(🤒)的婴儿(🎓)神秘死亡。Mulder探员和Scully探员介入调查。他(🤰)们发现了一(🎐)种与死者有关，源(👴)自罗马(🏽)尼亚的(🎤)的(♏)驱魔仪式。驱魔人告诉他们，死者是被其(⛏)未出生的孪生兄弟附身。在驱(🌬)魔仪式过程后，Mulder被(🐩)驱魔(🚻)人严重警告，“现在结束(🕋)了(🈳)，但(🥒)你必须小心，它认得你(🍺)了”！
第22集 剖尸
在一(⌛)座警备森严的监狱，一种(😱)瘟疫一样的疾(😃)病开始流行(🐓)，造成10人死亡。Scully探员留守监(🏦)狱，摸清疾病(🦒)的(🏥)源头。而Mulder探员则连同联邦(💹)司法(🥩)官员一起追(🐠)踪两(👐)名可能已经感染该(🔛)疾(🆔)病的越狱者。
第(🔳)23集 柔光
一项关于暗物质的试验造成了惊人的后果－该试验可(📙)以把人的影(❤)子转化为(🦄)一种致命武器，任何接触到这种武器的人都会被转(♌)化成能量。
第(🏰)24集 我们的小镇(🏄)
一个小(🐖)城发生了数起失踪案。Mulder探员和Scully探员在该城一(🍭)条(👚)小河里发现(😺)了(🥂)数以百计(🥀)的人骨。该城(🆙)最富有的人拥有一(👊)座(🐗)鸡肉加工厂。此人找到(🍯)了(👟)一种(📮)吃人肉而延长寿命的办法。
第25集 外星档案（(🚭)上）
Mulder探员意外获(🐥)得了一些关(👰)于(🔝)外星生命的原始资料。但他的敌人却想让他看到，发(📱)现真相是要付出沉重的代价的。
本季始于(🏻)X档案被终结，穆德与(🦃)史卡利分别被派给不同的(💂)任务，但(🌥)穆德(🐔)仍时时注意任何有关X档案的案件(💂)，并常找史卡利帮忙。由于演员姬(🕧)莲·安德(🐪)森怀孕，制作(🙇)人将剧情发展(🚆)成(🤦)史卡利被外星人绑架，消失了一(🔕)阵子(😪)。当(🌘)然，那时候姬(👠)莲·安(🤣)德森跑(📫)去医院生产了。在不断的寻找下，史卡利奇迹似的被送回到一家医院，自此以后，X档(🦐)案进入一新阶(🏏)段。这季(🔶)主要仍围着不可解释的自(📫)然现象及外星人打转，结束于穆德的父亲被暗(🌑)杀身亡，穆德千里(😕)迢迢到新墨西哥寻找证据(🔣)。